Blokkfløyter kan spores helt tilbake til jernalderen, hvor de mer eller mindre besto av uthulede trestykker med forskjellige hull som tillot en viss variasjon i tonene. Utformingen av blokkfløyten skjøt fart på 1400-tallet, men den brede populariteten oppnådde instrumentet først rundt 1500- og 1600-tallet, da blokkfløyten ble tilgjengelig for allmennheten.